W sytuacji gdy rolnik nie zgadza się z wyznaczonymi obszarami objętymi normą GAEC2, może zgłosić rozbieżności do Instytutu Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa – Państwowego Instytutu Badawczego (IUNG-PIB) lub Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa.
