Równolegle z przepisami kolejowymi zmieniły się zasady korzystania ze zwolnień z podatku od nieruchomości. W założeniu zwolnienie miało traktować preferencyjnie infrastrukturę kolejową udostępnianą przewoźnikom, zachęcając do inwestycji bez znaczących obciążeń publicznoprawnych, bowiem w praktyce podatek od nieruchomości stanowi znaczący koszt zewnętrzny związany z zarządzaną infrastrukturą kolejową i OIU – jest on płacony co roku od wartości budowli, niezależnie od upływającego czasu i utraty wartości poszczególnych elementów. W przypadku specjalistycznych obiektów i nowoczesnych systemów bezpieczeństwa, składających się na infrastrukturę kolejową i OIU, kwoty te sięgają wielu milionów złotych rocznie.
Oznacza to, iż podatek pozostaje niemal taki sam przez cały okres użytkowania, bez względu na zużycie obiektu czy instalacji. Jednocześnie Prezes Urzędu Transportu Kolejowego stawia coraz wyższe wymogi techniczne, które wymagają kosztownych inwestycji. Tym samym zarządcy i operatorzy znaleźli się w pewnego rodzaju pułapce – im bardziej nowoczesna i droższa jest instalacja, tym większym staje się ona obciążeniem w podatku od nieruchomości. Zwolnienie infrastruktury kolejowej z podatku od nieruchomości miało temu przeciwdziałać, jednak okazało się, iż uzyskanie takiego zwolnienia nie było ani oczywiste, ani proste i często wiązało się z czasochłonnymi sporami z organami podatkowymi. Problematyczna okazała się chociażby wspomniana wcześniej definicja infrastruktury kolejowej. Organy podatkowe, które interpretowały polską definicję z UoTK z pominięciem wiedzy specjalistycznej, uznawały, iż zwolnienie może obejmować wyłącznie elementy wymienione z nazwy w UoTK. Inne nazewnictwo przyjęte u podatnika skreślało prawo do zastosowania ulgi.
