Ostatnie lata to również okres głębokiej destabilizacji orzecznictwa związanego ze zwolnieniem. W latach 2017–2023 prawo do zwolnień podatkowych rzadko kwestionowano (chodzi o samo prawo do zwolnienia, definicja infrastruktury kolejowej w tym okresie była przedmiotem sporów z organami podatkowymi), ale przełom 2022 i 2023 roku przyniósł radykalną zmianę.
Organy podatkowe i niektóre sądy zaczęły twierdzić, iż polskie zwolnienie dla infrastruktury kolejowej może być niedozwoloną pomocą publiczną. Zmusiło to zarządców do zapłaty gigantycznych kwot, których nie było w pierwotnych budżetach, co uderzyło w planowane inwestycje.
Sytuację wyjaśnił dopiero wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE z 29 kwietnia 2025 r. (sprawa C-453/23), który jednoznacznie orzekł, iż polskie zwolnienie podatkowe jest zgodne z prawem unijnym. Niestety, okres niepewności trwale naruszył płynność finansową zarządców. Co gorsza, stan ten nie skończył się wraz z wyrokiem TSUE.
Uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 grudnia 2025 r. (sygn. III FPS 3/25) wprowadziła nowy, skomplikowany sposób określania powierzchni zwalnianych gruntów tworzących infrastrukturę kolejową. Zamiast zwalniać całe działki kolejowe, zarządcy muszą teraz szczegółowo dowodzić, jaka część gruntu jest fizycznie związana z infrastrukturą kolejową, co generuje kolejne koszty i spory.
Szymon Chyra
Doradca podatkowy, Senior Manager w kancelarii Andersen
Henryk Zielaskiewicz
Przewodniczący Krajowej Komisji Przewozów Intermodalnych SITK RP
